《南宋思想史》主要由两大内容构成。第一，全面梳理了南宋儒学，从分析两宋之际荆公新学与二程洛学的消长入手，进而细论洛学在南宋思想中胜出并发展的分流衍变，再考察朱熹对南宋各种思想的清理及重建儒学精神与绍述道统，还论证了朱熹对各种思想的挑战所做出的回应。对南宋儒学的阐发，以朱子学的形成为中心，发散性地分析论证了南宋各种思想观念的演化发展，并探讨了思想诉求与当时政治、士大夫风习与民风的复杂关系。第二，全面论述了南宋佛教、道教与白莲教等民间宗教以及文化风尚和社会生活所蕴涵的思想史意义。《南宋思想史》关注思想与其所处历史语境之关系的解释，通过这种解释来获得疏通知远的启示。